離心噴霧干燥機干燥物料對離開干燥室的廢氣中夾帶的細粉產品，必須有效地加以分離及回收，以保證干燥產品的回收率，防止細粉逸到大氣中造成環境污染。可以采用干法或濕法回收設備。干法回收的物料可以送到下一加工工序或包裝車間。濕法回收的物料可以送到進料的預處理部分循環使用或作為廢料處理。干法回收設備（如旋風分離器、袋濾器或靜電除塵器等）用于第一級的分離及回收。一般不會影響產品的質量，但通過旋風分離器時，那些脆性物料會被破碎而減小粒度。如果在離開第一級分離設備的廢氣中，還存在微量細粉料，而且必須在除塵后才能將廢氣排入大氣的，就要濕法除塵設備（如濕式洗滌器、濕旋流分離器、沖洗風機等）用作第二級的分離回收。一般情況下，從洗滌器出來的液體濃度太低，進行濃縮和干燥是不經濟的，因此，只能送到廢水處理處。

旋風分離器的應用比較廣泛，這是因為它的成本低，而且維護簡單。一般來說，旋風分離器的分離效率對大多數噴霧干燥產品是足夠高的，可以不用第二級收集設備。但應該注意，無論其效率有多高，即使在最佳的操作條件下，旋風分離器的效率也達不到100%。如果要求分離完全，就應該選用其他分離設備，例如袋濾器的效率基本上有達到100%的可能，但采用這樣一個設備就能把不含塵的廢氣排到大氣中的優點，會被其維修及清掃等方面的困難拉平。如果袋夾安裝不正而使布袋破裂或漏料，要進行修復是很困難的。在充滿粉塵的環境中檢查布袋的完整情況以及使破袋脫離工作，是一件艱苦而費時的任務，而且會造成長時間停機（從清潔的觀點考慮，目前還是采用袋濾器來回收粉塵）。

為了選擇最合適的分離系統，應從產品的粒度、結構、廢氣中粉料含量、氣體流量、要求的分離效率、可利用的動力以及廠房空間等各個方面的因素綜合考慮。如果全部產品由氣流帶出干燥室，粉料含量就很高，就要求采用一組高效率的旋風分離器來處理，以達到較高的回收效率。當然，即使分離效率達到99.5%，在大產量情況下，產品損失還是很客觀的。如果必須將干料完全回收，就應在旋風分離器（組）的后面配置袋濾器或用袋濾器完全代替旋風分離器。如果采用部分粉料從干燥室底部排出的方法，就只有比較細的一部分干料由廢氣帶入分離系統。采用袋濾器可以將細料全部回收。采用旋風分離器時，由于含塵量低，顆粒又細，分離效率一般只有90%～96%。雖然細料在全部成品中占的比例并不大，如果不在旋風分離器的后面加上其他分離裝置，物料損失還是不容忽視的。

嚴格的硬性規定倒也沒有。如果制品容重特別小（如蛋白粉等），或成品價值很高（如染料等），或對大氣環境污染嚴重（如農藥對環境的植被破壞性很大），就應在旋風分離器后面裝上袋濾器或濕式洗滌器，以保證極少粉塵逸出。即使大部分物料從干燥室底部排出，只有很少量的粉料進入分離系統，也應這樣安排布置。如果大部分產品從干燥室底部排出（即主排放），則在干燥系統中，就會有幾處進行排粉。為了便于產品包裝，通常將各處排出的干粉匯集到一個共同的風機或機械輸送系統中。

由離心噴霧干燥機干燥室底部及旋風分離器底部將干粉排到一個共同的風送系統送到一個旋風分離器分離下來進行包裝。風送空氣可以直接排入大氣或回到噴霧干燥系統中。風送空氣回流進入干燥空氣的共同排氣系統的情況。也可以將這部分空氣送回到干燥室。輸送到料倉或進一步加工，或直接送到包裝車間。雖然這種系統避免了處理風送空氣的問題，但操作環境的粉塵較大。在衛生條件稍有要求的地方，是不能考慮這種方法的。皮帶輸送系統多用于化學工業中。